Es el proyecto iniciador del centro y uno de los más benéficos en pro de la conservación de la tortuga marina ya que desde el inicio de sus labores hasta la fecha el centro ha liberado más de 2 millones de crías de tortuga marina.

El Centro considera imprescindible el conocimiento de los recursos naturales a nivel local como: las tortugas marinas, los cocodrilos, las iguanas, el estero, el mar, el palmar...

El Estero Palo Verde pertenece al cuarto vaso de la Laguna de Cuyutlán, la más grande en el Estado de Colima.

En el Centro Ecológico de Cuyutlán se capturan iguanas verdes durante los meses de marzo y abril, que es la temporada en que la mayoría se encuentra preñadas en su medio natural, y son llevadas a un lugar adecuado para su desove.

Es importante conocer la población de cocodrilos presentes en el estado de Colima para poder determinar las medidas adecuadas para su protección. Para ello, el centro está llevando a cabo un estudio sobre ecología poblacional del cocodrilo de río.

Los manglares son ecosistemas cuya vegetación es mayoritariamente árboles de mangle. Estos árboles son muy peculiares, puesto que pueden vivir en terrenos inundados de agua salada.